Os projetos de capacitação e qualificação profissional desenvolvidos pela FUNAP fomentam as ações educacionais de formação complementar às pessoas privadas de liberdade por meio da oferta de cursos técnico-profissionalizantes.
São elaborados no formato de cursos técnicos e cursos livres, cujos conteúdos proporcionam aos reeducandos oportunidades de capacitação e/ou atualização profissional, visando a preparação para o retorno ao convívio social e o ingresso
no mercado de trabalho.
Além de seus próprios projetos de educação para o trabalho e cidadania, a FUNAP conta com o apoio em cooperação de instituições federais e estaduais, tais como: o Instituto Federal de São Paulo (IFSP), o Fundo Social de São Paulo
(FUSSP), Faculdades, Universidades, Órgãos e Entidades públicas e privadas e segmentos da sociedade civil organizada.
A inclusão social da pessoa privada de liberdade, o desenvolvimento de suas competências, habilidades e atitudes, obtidas através dos cursos profissionalizantes, são objetivos primordiais do Programa, viabilizando não apenas o resgate
da cidadania como também a reinserção no mercado de trabalho e a possibilidade da geração de renda.
Os cursos possibilitam ainda a remição de pena, a cada 12 horas de estudo, um dia a menos de pena, conforme previsto na Lei de Execução Penal (LEP).