Os projetos de capacitação e qualificação profissional (projetos profissionalizantes), desenvolvidos pela FUNAP, fomentam as ações educacionais de formação complementar às pessoas privadas de liberdade por meio da oferta de cursos
técnico-profissionalizantes nas diversas áreas e formação para a cidadania.
São elaborados no formato de cursos livres, cujos conteúdos proporcionarão aos reeducandos oportunidades de capacitação e/ou atualização profissional, visando à preparação para o retorno ao convívio social e o ingresso no mercado
de trabalho, como formas de incentivo ao empreendedorismo e à geração de renda.
Além de seus próprios projetos de educação para o trabalho e cidadania a FUNAP conta com o apoio em cooperação de renomadas instituições de ensino federais e estaduais, tais como o Instituto Federal de São Paulo (IFSP), o Fundo Social
de São Paulo (FUSSP), Faculdades, Universidades, Órgãos e Entidades públicas e privadas e de demais segmentos da sociedade civil organizada.
Os projetos viabilizam não apenas o resgate da cidadania, a reintegração social no mercado de trabalho e a geração de renda, mas também possibilitam a remição de pena pelo trabalho e pelo estudo, previstos na Lei de Execuções Penais
(LEP).